Joseph Pilates nacque in Germania il 9 dicembre del 1880. Da piccolo era debole e malaticcio in quanto soffriva di asma, rachitismo e febbre reumatica. Per la sua attitudine agli studi, presto gli venne regalato un libro di anatomia, e dopo averlo studiato, assieme a varie forme di ginnastiche occidentali e orientali (yoga compreso), iniziò a sviluppare una sua tipologia di movimenti, e a 14 anni allenò così bene la propria struttura fisica che fece da modello per illustrazioni di libri e tabelle anatomiche.

Negli anni si dedicò con successo alla boxe, alla ginnastica, allo sci e all’attività subacquea. Nel 1914, durante la prima guerra mondiale, fu internato in un campo di prigionia dove iniziò ad escogitare il suo sistema di esercizi originali che più tardi definì come “Contrology”.
Lavorò con molti feriti di guerra e iniziò a riabilitarli utilizzando le molle dei letti come resistenze e tutto quello che aveva a disposizione attorno a sé. Scoprì che facendo resistenza ai movimenti nel modo corretto i muscoli interni lavoravano in maniera più profonda. Dopo la guerra Joseph venne chiamato ad allenare la polizia militare di Amburgo. Nel 1925 fu invitato ad allenare il nuovo esercito tedesco, ma poiché disapprovava l’orientamento politico tedesco, decise di lasciare il suo paese natio e partire per gli Stati Uniti. Durante il tragitto in nave conobbe Clara, un'infermiera, che poi in seguito divenne sua moglie.

Arrivando a New York nel 1926 lui e Clara aprirono uno studio nella 939 Eight Avenue. Fu qui che iniziò la sua collaborazione con il mondo della danza :George Balanchine, famoso coreografo, mandò molti dei suoi ballerini da Pilates per rinforzarli e per riabilitarli dagli infortuni.
Nel Gennaio 1966 scoppiò un incendio nello studio, e Joseph, cercando di salvare le sue preziose attrezzature, durante il crollo del pavimento restò appeso alle travi con le mani finché non venne portato in salvo dai pompieri.
Si crede che questo incidente sia la causa diretta della sua morte avvenuta nell’ottobre 1967, all’età di 87 anni.
Oggi il metodo Pilates è praticato in tutto il mondo.